Понимание важности этой проблемы, а также стремление создать оптимальные условия для изучения патогенеза и клиники этих заболеваний, разработки алгоритмов диагностики и эффективных методов лечения этих заболеваний стало основанием для того, чтобы достаточно рано выделить колопроктологию из общей хирургии в отдельную медицинскую специальность.
В настоящее время ГНЦ колопроктологии имеет в своей структуре клинические и научные подразделения. В состав клинического отдела входит 8 отделений, в том числе отделение общей колопроктологии с группой изучения семейного аденоматоза, отделение общей и лапароскопической колопроктологии, отделение онкопроктологии, отделение хирургии ободочной кишки, гастроэнтерологическое отделение с хирургической группой, отделение анестезиологии и реанимации, отделение неотложной колопроктологии (на базе городской клинической больницы № 15), а также научно-консультативная поликлиника. В состав диагностических отделений входят: отдел лучевой диагностики, эндоскопическое отделение, клинико-биохимическая лаборатория, микробиологическая лаборатория с группой иммунологических исследований, патоморфологическая лаборатория и лаборатория клинической патофизиологии. Кроме клинических подразделений в составе Центра имеется научно-организационный отдел, состоящий из отделения научных основ развития колопроктологической помощи и отделения медицинской информатики и международного сотрудничества.